Jak wszędzie, tak i w Krakowie, lokalna sytuacja polityczna miała swoje odzwierciedlenie w działalności klubów radnych. W obrębie RMK działało kilka klubów radnych, które ulegały przekształceniom obejmującym tasowania personalne, zmianę nazw, likwidację dotychczasowych i formowanie się nowych klubów. Podstawowym założeniem każdego z klubów było kierować się obyczajami demokratycznymi oraz wspierać radnych w ich prawach i powinnościach. Struktura polityczna RMK miała swój obraz w składzie osobowym Komisji Głównej, gdzie wybrani zgodnie z zasadą proporcjonalności radni reprezentowali stanowiska swych klubów, wpływając na plan i zakres pracy całej Rady.
Najliczniejszym klubem (37 radnych) początku kadencji był klub Akcji Wyborczej Solidarność, który obecnie liczy 15 radnych i nosi nazwę Krakowska Wspólnota Samorządowa. W miarę stały osobowo skład zachował klub Sojuszu Lewicy Demokratycznej (16 radnych), z którego szeregów wystąpiła tylko jedna osoba. Trzecim pod względem liczebności jest klub Platformy Obywatelskiej (14 radnych), który utworzyli radni należący wcześniej do AWS i koalicji UW-UPR-RIO. Choć drugie miejsce w szrankach wyborczych zajęła koalicja: UW-UPR-RIO, to na skutek odłączenia się RIO, obecny klub radnych UW i UPR dysponuje 7 mandatami i z uwagi na to, iż liczy mniej niż 8 radnych, w rozumieniu § 43 ust.1 Statutu Miasta Krakowa nie jest klubem, podobnie jak: koło radnych Porozumienie Samorządowe "Nowe Miasto" (6 radnych) oraz klub radnych Komitetu Obywatelskiego Miasta Krakowa (4 radnych). Nowoutworzonym klubem jest Przymierze Prawicy (8 radnych), który w całości składa się z radnych byłej koalicji AWS.
Struktura polityczna Rady końca kadencji przedstawia się następująco:
- Klub Radnych Sojuszu Lewicy Demokratycznej - 16 mandatów - przewodniczący Mieczysław Łagosz,
- Klub Radnych Krakowska Wspólnota Samorządowa - 15 mandatów - przewodniczący Krzysztof Gurba,
- Klub Radnych Platformy Obywatelskiej - 14 mandatów - przewodniczący Paweł Zorski (w ramach tego klubu działa Koło Radnych Stowarzyszenia "Ruch Inicjatyw Osiedlowych" - RIO),
- Klub Radnych Przymierza Prawicy - 8 mandatów - przewodniczący Józef Ratajczak (w ramach tego klubu działa Koło Przymierza Prawicy),
- Klub Radnych Unii Wolności i Unii Polityki Realnej - 7 mandatów - przewodniczący Jan Okoński,
- Koło Radnych Porozumienie Samorządowe "Nowe Miasto" - 6 mandatów,
- Klub Radnych Komitetu Obywatelskiego Miasta Krakowa - 4 mandaty - przewodniczący Bolesław Kosior,
- Radni niezrzeszeni - 5 mandatów.
