Powołano: 

Komisję Główną (przewodniczący S. Handzlik), która koordynowała pracę RMK, współdziałanie RMK i jej organów z administracją rządową, partiami politycznymi, związkami zawodowymi, organizacjami i ruchami społecznymi. 

Komisję Rewizyjną (przewodniczący A. Mikołajewski) zajmującą się kontrolą działalności Zarządu Miasta i podporządkowanych mu jednostek. 

Komisję Dyscyplinarną (przewodniczący L. Zgoda), której przedmiotem działania było rozpatrywanie zasadności zarzutów dotyczących wykonywania mandatu radnego (działała od lipca 1996r.). 

Po zmianach w 1996 roku pracowały do końca kadencji następujące komisje merytoryczne RMK: 

Budżetowa (przewodniczący - S.Bisztyga) - współdziałała z Zarządem Miasta w przygotowaniu projektu budżetu miasta na poszczególne lata, zajmowała się także sprawą obsługi bankowej rachunków Gminy, projektami uchwał w sprawie zmian w budżecie miasta oraz innymi projektami uchwał pociągającymi za sobą zobowiązania finansowe i związane z gospodarką finansową Gminy. 

Planowania Przestrzennego i Ochrony Środowiska (przewodniczący - J.Grzymek) - podejmowała sprawy związane architekturą i urbanizacją miasta, z planowaniem przestrzennym, oceniała stan środowiska w Krakowie, opiniowała i inicjowała działania na rzecz ochrony powietrza, wody, gleby i upraw oraz eliminacji uciążliwości środowiska, plany inwestycji z punktu widzenia ich uciążliwości dla otoczenia oraz opracowań z zakresu planowania przestrzennego pod względem ekologicznym i prawidłowej gospodarki zasobami naturalnymi. 

Infrastruktury Komunalnej (przewodniczący - S. Kuta) - zajmowała się funkcjonowaniem przedsiębiorstw i urządzeń infrastruktury komunalnej, inwestycjami w dziedzinie usług komunalnych oraz utrzymaniem gminnych obiektów i urządzeń użyteczności publicznej. Praworządności i Porządku Publicznego (przewodniczący - S. Dulewicz)- interweniowanie w drastycznych lub nagminnych przypadkach nieprzestrzegania prawa, w szczególności przez organy i instytucje samorządowe, a także sprawy porządku, bezpieczeństwa i patologii społecznych oraz ochrony przeciwpożarowej. 

Kultury i Ochrony Zabytków (przewodniczący - J. Fedorowicz) - jej zadaniem była współpraca ze środowiskami kulturalnymi i artystycznymi Krakowa, kontakty kulturalne miasta z zagranicą i innymi ośrodkami w Polsce, upowszechnianie kultury, ochrona zabytków, a w szczególności odtwarzanie i zachowanie funkcji miasta jako ośrodka nauki i kultury. 

ds. Profilaktyki i Ochrony Zdrowia (przewodniczący A. Laskowski) - zajmowała się profilaktyką zdrowotną, promocją zdrowego trybu życia, zwłaszcza zapobieganiu uzależnieniom, chorobom zakaźnym, a także stanem sanitarnym miasta, ochroną zdrowia dziecka od poczęcia, patologiami i chorobami społecznymi, organizacją ochrony zdrowia, rehabilitacji osób niepełnosprawnych. 

Edukacji i Kultury Fizycznej (przewodniczący - J.Jedliński) - kierowała polityką Gminy w zakresie szkół i przedszkoli samorządowych, żłobków, oświaty pozaszkolnej, w sprawach dydaktycznych, wychowawczych, organizacyjnych i finansowych, a także współpracą z Kuratorium Oświaty, związkami zawodowymi, szkołami niepublicznymi, rodzicami, stowarzyszeniami i klubami działającymi w środowisku. 

Mienia i Rozwoju Gospodarczego (przewodnicząca - E. Bielecka) - zajmowała się opiniowaniem wniosków o przydzielenie lokali użytkowych w trybie bezprzetargowym, projektami uchwał w spr. sprzedaży mieszkań komunalnych, zasad wynajmu mieszkań i lokali użytkowych oraz innych związanych z gospodarowaniem mieniem komunalnym, budownictwem mieszkaniowym i przemysłowym, funkcjonowaniem instytucji bankowych, handlu, usług, rzemiosła oraz działalności gospodarczej w dziedzinie turystyki. 

Promocji, Współpracy i Informacji (przewodniczący - B. Kośmider) - działała w zakresie promocji Krakowa w kraju i zagranicą, współpracy z instytucjami oraz przedstawicielami środowisk działających na terenie Krakowa, w szczególności z samorządami innych gmin oraz związkami i stowarzyszeniami gmin w ramach wspólnych przedsięwzięć i struktur, a także współpracą międzynarodową, w tym z Rodakami mieszkającymi poza Polską. Nową dziedziną były kontakty między Samorządem a mieszkańcami Krakowa: inspirowanie oraz wspieranie działań podnoszących efektywność przepływu informacji oraz wiedzy mieszkańców o samorządzie. 

ds. Rodziny i Polityki Społecznej (przewodniczący - S.Zięba) - jej zadaniem było rozpoznawanie poziomu życia rodzin w Gminie, przyczyn kryzysu, problemów rodziny jako środowiska wychowawczego, demograficznego i ekonomicznego, inicjowanie działań dla zapewnienia stabilnego życia rodzinnego i wychowania w rodzinie, inicjowanie i opiniowanie działań w kierunku poprawy warunków materialnych rodzin, przeciwdziałanie patologiom społecznym, pomoc społeczna w Gminie Kraków realizowana przez MOPS. 

ds. Dzielnic i Inicjatyw Lokalnych (przewodniczący -A. Ciepiela) - zajmowała się sprawami 18 dzielnic Krakowa w zakresie statutu Dzielnic, ordynacji wyborczej do Rad Dzielnic, statutu osiedli i uchwał powołujących osiedla, uchwał i procedur dotyczących zadań priorytetowych i zadań powierzonych Dzielnicom, lokalnych inicjatyw inwestycyjnych oraz Konkursu dla Rad Dzielnic oraz oceną ich realizacji. 

ds. Sportu i Turystyki (przewodniczący - Z. Lach) - wspierała inicjatywy klubów sportowych w zakresie imprez sportowych, rozwój bazy sportowej i dbanie o istniejące obiekty, w których uprawniany jest sport wyczynowy i rekreacyjny, współpracę z innymi gminami naszego regionu w dziedzinie turystyki, rekreacji i sportu, inicjowała przedsięwzięcia zmierzające do usprawnienia ruchu turystycznego oraz poprawy jakości usług w Krakowie i regionie. 

Działały również dwie Komisje Samorządowe z udziałem radnych - powołane z mocy ustaw odrębnych, a mianowicie: Komisja Inwentaryzacyjna - (przewodniczący L. Kotlarski) zajmująca się inwentaryzacją mienia podlegającego komunalizacji. Miejska Komisja Rozwiązywania Problemów Alkoholowych (przewodniczący J. Franczyk) podejmująca działania dotyczące rozwiązywania problemu uzależnienia.